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【2025年版】確定申告完全ガイド~e-Taxの基本~

作成日:2025/01/27(月) 基礎知識

【2025年版】確定申告完全ガイド~e-Taxの基本~

確定申告を行うに際して、もっと手続きが楽になってくれたら...と思う方もいるでしょう。
e-Taxを用いて申告を行えば、申告だけではなく納付までもが簡単になります。
この記事では、e-Taxの基本やメリットデメリット、申告から納付の流れを解説します。
確定申告の概要について知りたい方は、下記の記事をご覧になってください。
確定申告完全ガイド~確定申告の基礎~
確定申告完全ガイド~必要な書類や所得計算・経費計上について~
確定申告完全ガイド~具体的な書き方~
確定申告完全ガイド~よくあるミスと税務調査とは~


※ITフリーランス向け福利厚生プログラムフリノベ提携 税理士法人松本 監修

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e-Taxとは

e-Tax(イータックス)とは、国税庁が提供する国税電子申告・納税システムのことです。e-Taxを利用することで、インターネットを通じて自宅やオフィスから各種の国税に関する手続きを行うことができます。


e-Taxでは、フリーランスや個人事業主が毎年行う必要がある所得税の確定申告をオンラインで提出できます。
また、その他にも課税売上高が一定以上の事業者が行う消費税および地方消費税の申告や、事業を開始する際の開業届、青色申告を希望する際の承認申請書のオンライン提出、インターネットバンキングやダイレクト納付を利用した国税の納付が可能です。


このシステムは、2004年に全国で運用が開始されて以来、年々機能が拡充され、現在では多くの手続きに対応しています。e-Taxを利用することで、税務署に出向く必要がなく、時間や場所にとらわれず手続きを行うことができます。


このシステムを利用するためにはマイナンバーカードを用いた電子証明書を発行する必要があるため、確定申告をオンラインで行いたい場合はマイナンバーカードを取得することをおすすめします。


※一部、マイナンバーカード以外の電子証明書をe-Taxで用いることも可能ですが、最も一般的な電子証明書はマイナンバーカードのため、本記事ではマイナンバーカードを取得する前提で記載しております。
詳しくは、e-Tax:電子証明書の取得をご確認ください。



マイナンバーカードは申請後、審査を経て概ね1ヶ月ほどでカードが発行されます。
交付通知書が手元に届いてから、本人確認書類などの必要書類を持参し、市区町村窓口でカードを受け取ります。
そのため、マイナンバーカードの申請から受け取りには1ヶ月〜2ヶ月かかると見て、余裕を持って行動しましょう。


確定申告期間中は、メンテナンス時間を除いては24時間いつでも利用可能であることも大きな特徴です。
そのため、夜間早朝メインで稼働しているフリーランスの方でも比較的スムーズに確定申告を行うことができます。


e-Taxは、パソコンだけでなくスマートフォンやタブレット端末からも利用できます。ただし、利用するためには、推奨されるOSやブラウザを使用する必要があります。
推奨環境は、下記リンク先ページをご確認ください。


参考1:e-Taxソフト(WEB版)のご利用に当たって【パソコン】
参考2:e-Taxソフト(WEB版)のご利用に当たって【スマートフォン】

e-Taxのメリット

e-Taxには以下のような多くのメリットがあります。

オンラインで手続きが可能

e-Taxを利用する最大のメリットは、自宅やオフィスから24時間いつでも手続きが行えることです。税務署の開庁時間に合わせてスケジュールを調整する必要がなく、仕事や家事で忙しい方でも、空いた時間に手続きを進めることができます。


提出書類の省略が可能

通常、確定申告書を提出する際には、医療費控除の明細書や生命保険料控除の証明書などの添付書類が必要です。しかし、e-Taxを利用する場合、これらのような第三者が作成したと認められる添付書類の提出が省略できます。ただし、提出を省略できるのは一部の書類に限られており、必要に応じて税務署から提示を求められることがあります。また、これらの書類は法定申告期限から5年間自宅で保管する義務があります。


還付金の処理が早い

e-Taxで確定申告を行うと、予定納税として事前に収めた税金などの還付金の処理が通常よりも早く行われます。紙での申告では、還付金の振込みまでに1ヶ月程度かかることがありますが、e-Taxでは2〜3週間で還付金を受け取ることができます。そのため、還付金を早く受け取りたい方にとって、大きなメリットとなります。


申告内容の訂正が比較的簡単

申告内容に誤りがあった場合でも、e-Taxでは申告期限内であれば再度データを送信することで、簡単に訂正が可能です。新しいデータを送信すると、以前に送信したデータは上書きされるため、修正申告の手間が省けます。
この際に、追加で添付書類を提出する必要がある場合には、申告書等送信票(兼送付書)とともに提出します。


青色申告特別控除65万円が適用可能

青色申告を行う場合、e-Taxを利用して電子申告を行うことで、最大65万円の青色申告特別控除を受けることができます。紙での申告では55万円控除となるため、e-Taxを利用することで節税効果が高まります。

e-Taxのデメリット

e-Taxは使い慣れれば非常に便利ですが、人によっては下記のデメリットを感じることもあります。


事前準備が必要

前述の通り、e-Taxを用いるためには事前にマイナンバーカードを取得しておく必要があります。マイナンバーカードの申請から取得には時間がかかるので、直前に焦ることのないように準備を整えておきましょう。


また、e-Taxを利用するための利用者識別番号や暗証番号の取得も必要です。これらの取得は、e-Taxの開始届出をオンラインまたは税務署で行えば可能です。
それ以外にも、マイナンバーカードの電子証明書を読み取るためのICカードリーダーまたは対応するスマートフォンが必要です。


手続きが複雑に感じる

初めてe-Taxを利用する場合、手続きや設定が複雑に感じることがあります。特に、電子証明書の取得やICカードリーダーの設定、パソコンの環境設定など、慣れていないと作業に手間がかかる可能性があります。
また、利用者識別番号の取得や、暗証番号の管理など、初めての方にとってはハードルが高く感じられるかもしれません。


対応環境の制限

e-Taxの利用には、前述の通り、対応するOSやブラウザが限られています。古いバージョンのOSやブラウザでは正常に動作しない可能性があるため、最新のパソコンやスマートフォンを購入する必要や、ブラウザのアップデートが必要になる場合があります。

e-Taxで確定申告をしてみる

それでは、実際にe-Taxを利用して確定申告を行う手順を見ていきましょう。


準備するもの

まず、収入に関する書類を準備します。フリーランスや個人事業主の場合、主な収入源は事業所得となります。収入を正確に申告するために、下記の書類を準備しましょう。


  • 源泉徴収票
    雇用先から給与所得がある場合に発行される書類です。給与や賞与から源泉徴収された所得税額が記載されています。

  • 支払調書
    クライアントから報酬を受け取った際に発行される書類です。年間の支払い金額や源泉徴収額が記載されています。ただし、支払調書の交付は義務ではないため、発行されない場合もあります。その場合は、請求書や領収書を基に収入額を把握します。

  • 請求書
    クライアントに対して業務の対価を請求する際に発行する書類です。請求書の控えを保管しておくことで、どのクライアントからいくらの収入があったか把握できます。



次に、経費に関する書類を用意します。
事業を行う上で発生した必要経費を計上することで、課税所得を減らすことができます。


  • 領収書
    事業に関連する物品の購入費や、交通費、接待交際費などの支出を証明するために、領収書やレシートを用意しましょう。これらの書類は、日付・金額・取引内容が明確に記載されていることが必須です。

  • クレジットカードの明細書
    ネット上での支払いやサブスクリプション(定期購入)サービスの料金などはクレジットカードの明細書で把握するとよいでしょう。ただし、明細書だけでは取引内容が不明瞭な場合があるため、可能であれば取引先からの注文確認メールや請求書なども合わせて保管しておくこともおすすめです。


次に、控除を受けるための証明書類を準備します。適用可能な控除を申告することで、納める税金を減らすことができます。


  • 社会保険料控除証明書
    国民年金や国民健康保険の保険料を支払った際に発行される証明書です。これらの保険料は社会保険料控除として全額が所得から控除されます。
    通常、年末に日本年金機構や市区町村から郵送されます。

  • 生命保険料控除証明書
    生命保険会社から送付されるもので、年間に支払った保険料が記載されています。生命保険料控除として所得から一定額が控除されます。
    こちらも年末頃に保険会社から郵送されることが多いです。

  • 医療費控除の明細書
    年間の医療費が一定額を超えた場合に医療費控除を受けるために必要です。平成29年分以降の確定申告では、領収書の提出は不要ですが、医療費の明細書の提出が必要となります。医療費の領収書は自宅で5年間保管する必要があります。


各種控除証明書類は、控除を正しく受けるために不可欠ですので、紛失しないよう大切に保管してください。


最後に、還付金の振込先として銀行口座情報を準備します。
確定申告の結果、所得税が還付される場合には、指定した銀行口座に振り込まれます。
そのため、銀行名・支店名・口座種別(普通・当座など)・口座番号・口座名義人を正確に入力できるよう、通帳やキャッシュカードを手元に用意しておきましょう。

確定申告書の作成

確定申告完全ガイド~具体的な書き方~
をお読みください。

送付方法

確定申告書が完成したら、e-Taxでの送信を選択します。
ここで、マイナンバーカードを使用してログインします。ICカードリーダーまたは対応スマートフォンを用いてマイナンバーカードを読み取り、電子証明書による認証を行います。
この際に、マイナンバーカード発行時に設定した4桁の暗証番号が必要になります。


送信前に、申告内容に誤りがないか再度確認します。
また、必要な添付書類がある場合は、PDFなどの電子データとして添付します。一部の添付書類については提出が省略できる場合もありますが、後日税務署から提示を求められる可能性があるため、必ず保管しておきましょう。


電子署名を付与し、申告書データを送信します。
送信が完了すると、受付番号が表示されます。この番号は申告の控えとなりますので、必ずメモまたは印刷して保管してください。その後、e-Taxのメッセージボックスに受信通知が届きますので、申告が正常に受理されたことを確認します。

納税方法

確定申告が完了したら、次は納税を行います。e-Taxを用いた確定申告では、下記の納税方法を選択できます。


  • ダイレクト納付
    事前に税務署に「ダイレクト納付利用届出書」を提出し、登録した銀行口座から直接税金を引き落とす方法です。手数料がかからず、納付期限に自動で引き落とされるため、納付忘れを防ぐことができます。

  • インターネットバンキング(ペイジー)
    e-Taxで納付情報を作成し、ペイジー対応の金融機関のインターネットバンキングから納税します。24時間いつでも納付可能で、金融機関の窓口に行く必要がありません。

  • クレジットカード納付
    国税庁が指定する「国税クレジットカードお支払サイト」から手続きを行います。クレジットカードのポイントやマイルが貯まるというメリットがありますが、決済手数料がかかる点に注意が必要です。

  • コンビニ納付
    e-Taxでバーコード付きの納付書を作成し、印刷してコンビニエンスストアで納付します。ただし、納付金額が30万円以下の場合に限られます。

  • スマホ納付
    スマートフォンの決済アプリを利用して納付する方法で、いつでもどこでも納付が可能です。対応するアプリや手順については、国税庁のウェブサイトで確認できます。

確定申告をスムーズに行いたいならギークスジョブ

フリーランスの皆様の中には、毎年、郵送で確定申告を行っている方もいるでしょう。


e-Taxはマイナンバーカードの申請から取得まで少々手間がかかりますが、さまざまな恩恵を受けることができるため、おすすめです。
しかし、フリーランスとして働いていると、自分でクライアントに請求書を出す必要があったりと、手間がかかる場面もあります。


ギークスジョブなら、支払通知書が毎月マイページで共有されるため、所得の把握が簡単になります。


それ以外にも、クライアントとの受注契約書の確認や月末の作業報告もマイページから行えるため、各作業に割くリソースを削減でき、確定申告に集中する時間が増えます。
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